अमाथुस में साइप्रस के राज्यपाल एपिफेनियस के पुत्र के रूप में योहन पैदा हुए थे, और वे कुलीन वंश के थे। प्रारंभिक जीवन में वे शादीशुदा थे और उनके बच्चे भी थे, लेकिन उनकी पत्नी और बच्चों की जल्द ही मृत्यु हो गई, जिसके बाद उन्होंने धर्मसंघीय जीवन में प्रवेश किया।
प्राधिधर्माध्यक्ष (Patriarch) थियोडोर की मृत्यु पर, सिकन्दरिया के निवासियों ने सम्राट फोकस से योहन को अनका उत्तराधिकारी नियुक्त करने के लिए निवेदन किया, जो तदनुसार किया गया था। प्राधिधर्माध्यक्ष बनने पर उनके द्वारा उठाए गए पहले कदमों में से एक इस प्रकार था - कई हजार जरूरतमंद व्यक्तियों की सूची बनायी गयी था, जिन्हें उन्होंने अपनी विशेष देखभाल के तहत लिया था। उन्होंने हमेशा गरीबों को अपने "प्रभु और स्वामी" के रूप में देखा, क्योंकि ईश्वर के सर्वोच्च न्यायालय में उनका शक्तिशाली प्रभाव था। उन्होंने हर वर्ग के लोगों की मदद की जो जरूरतमंद थे।
वे एक सुधारक थे जिन्होंने पैसे को ज्यादा महत्व नहीं दिया और धार्मिक शिक्षा में सुधार के माध्यम से अपसिध्दान्तों का मुकाबला किया। उन्होंने गरीबों की खातिर बाट और माप की व्यवस्था को भी पुनर्गठित किया और अधिकारियों के बीच भ्रष्टाचार को रोक दिया। उन्होंने सिकन्दरिया में गिरजाघरों की संख्या सात से बढ़ाकर सत्तर कर दी।
योहन की मृत्यु कुप्रुस में 616 और 620 के बीच कहीं हुई थी। कुप्रुस से उनके शरीर को कॉन्स्टेंटिनोपल ले जाया गया, फिर 1249 में वेनिस में, जहां योहान दानी के लिए समर्पित एक गिरजाघर है, हालांकि उनके अवशेष एक अलग चैपल में, ब्रागोरा के संत योहन गिरजाघर में संरक्षित हैं।